治疗红斑狼疮也可以使用免疫抑制类药物，如环磷酰胺和硫唑嘌呤。二者的使用剂量均为每日每千克体重1～4mg，前者主要利用烃基与DNA结合，明显减少抗DNA抗体，血中DNA-抗DNA复合物及其在肾脏中的沉积量。硫唑嘌呤能换嘌呤核苷酸的合成，代替了DNA的嘌呤基质，从而抑制DNA和RNA的合成。此外，有免疫效果的药物还有苯丁酸氮芥2mg，每日2～3次，6巯基嘌呤50mg，每日3次，氨甲喋呤7.5～15mg，每周口服一次等。这类药物会使白细胞减少，甚至会对肝脏造成损害，使胃肠道运动产生障碍，容易产生继发性感染等。如果长期使用的话，还会引起不育、畸胎等现象的产生，甚至发生癌肿，所以需谨慎使用。

在红斑狼疮的治疗中，为了减少肾组织纤维化，改善肾功能，可以应用大剂量的环磷酰胺静脉脉冲击治疗，治疗的剂量为0.5～1g/m2体表面积，每月一次，待蛋白尿转阴后改为2～3月一次。大多数患者经4～6次后蛋白尿有所减少，肾功能得到改善。如果经过9～12次治疗后仍然没有明显的效果，患者需要终止治疗。