系统性红斑狼疮这种疾病虽然不具有传染性的特点，但是这种疾病是具有一定的遗传倾向的，并且很容易受到各种因素的影响而发病，那么对于系统性红斑狼疮患者来说，要想使这种疾病尽快的得到治疗，就需要对系统性红斑狼疮做出正确的诊断。

恶性网状内皮细胞增多症，血小板减少症，溶血性贫血，各种类型的肾脏病，肝炎，心肌-心包炎，神经系统疾病相鉴别。尤须与类狼疮综合征、新生儿红斑狼疮综合征鉴别。药物类狼疮综合征其中最常见者为药物引起的系统性红斑狼疮。本综合征可见类似系统性红斑狼疮的一些症状、体征，及实验室检查结果，有时难以区别。

外，系统性红斑狼疮诊断过程中，除了可以通过以上所介绍的方法实现以外，还需要对鉴别药物类狼疮综合征与系统性红斑狼疮：药物类狼疮综合征病人有服用有关药物史，性别差异不明显，临床症状轻，内脏受累，肾脏病变，蝶形红斑、口腔溃疡、脱发，以及白细胞、血小板减少，低补体血症均少见，抗Sm抗体和抗n-DNA（FARR）抗体阴性。最主要的特点是停药后临床症状和实验室征象消失，再用药时复现。有时抗核抗体存在时间略微长久，通常预后良好。