组织病理检查为表皮基层肥厚、乳头瘤样增生和角化过度，间有角化不全。表皮突延长，在疣周围向内弯曲，呈放射状向中心延伸。在棘层上部和颗粒层内有大的空泡化细胞，呈圆形，核深染，嗜碱性，核周围有一透明带围绕。这些细胞有的仅含少量透明角质颗粒。相反，在空泡化细胞之间的非空泡化颗粒细胞内常含有大量簇集的透明角质颗粒。
增厚的角质层内间有角化不全，其角化不全的细胞的特点为细胞核较其他角化不全的细胞核为大，深染，嗜碱性，呈圆形而不是长条形。组织学和电子显微镜对比研究证实，在棘层上部的空泡化细胞和角质层的角化不全细胞的深染嗜碱性的圆形核中，含有大量的病毒颗粒。真皮乳头层内可有炎性细胞浸润，但无特异性。
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