液氮冷冻、电灼或激光治疗。冷冻治疗相对于激光疗法要缓和得多，但应注意掌握时机，扁平疣在初发时，皮损较活跃，发展较快。疣体色浅褐、浅红或与肤色接近，稍带光泽显得很鲜活者；如采用冷冻治疗，容易刺激疣体增生，造成病损增多、扩大，反而加重病情。
注射激素转移因子。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。
采用激光铲除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。
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