首先，和色素痣不同，疣的治疗不主张手术切除。这是因为，手术往往切不干净，很容易复发，并且遗留瘢痕，为继续治疗带来更大难度。

其次，治疗疣不建议用腐蚀性药物，因为多数疣在1―2年会自然消退，民间故有“千日疣”一说;且即使使用腐蚀性药物，疣仍有复发的可能。

特别是面部的疣，会留下瘢痕，影响美容。 最后，治疣必须到正规医院相关科室，不能相信民间说法。有的人说寻常疣要“拔刺”，有的人用细线或头发丝勒断丝状疣，都是不可取的。其后果，轻的无效且会复发，重的会继发感染。 在临床上，针对不同类型的疣，治疗方法各不相同。

传染性软疣的治疗主要是将损害中的软疣小体完全挤出，然后涂以2%碘酊即可。亦可通过冷冻或5%碘酊外涂使皮损逐渐干燥、脱落，达到治愈。治疗同时要注意消毒患者的衣被，有些病人往往由于治疗不彻底或衣被消毒不干净而再发或长时间不愈。对于继发细菌感染的，要先治细菌感染，再治软疣。

寻常疣的治疗方法很多，包括抗病毒及免疫调节剂，可肌肉注射抗病毒或免疫增强剂如聚肌胞注射液等;局部可使用5%5-氟尿嘧啶软膏、10%水杨酸软膏、复方苯甲酸火棉胶涂剂、斑蝥酊、疱疹净霜等;还可以进行冷冻、激光、电灼;

另外，服用活血化淤、软坚通络、抗病毒的中药也有效果。 扁平疣的治疗可用板蓝根、大青叶，或用薏仁米一两煮水饮;注射维生素B12、聚肌胞注射液、干扰素、转移因子等也可收到较好效果。对于较少的皮损，可进行冷冻、电灼或激光治疗。